ГеоГебра е създадена от Маркус Хохенвартер през 2001/2002 като част от дипломния му проект в магистърски курс за обучение по математика и  компютърни науки в университета в Залцбург, Австрия. Подкрепен със стипендия от австрийската академия на науките, той продължава разработването на софтуера GeoGebra като част от дисертационният му труд с направление в обучението по математика. През това време, GeoGebra спечели няколко международни награди, и е преведен от учители по целия свят на повече от 25 езика (днес е преведен на повече от 50 езика). От 2006 г. GeoGebra е подкрепен от Австрийското Министерство на образованието за поддържане свободното предоставяне на този софтуер за обучението по математика в училищата и университетите.